根據(jù)職責，中心下設13個處室，分別是辦公室、計劃財務處、技術標準處、體系建設處、耕地質(zhì)量監(jiān)測檢測處、耕地質(zhì)量評價保護處、耕地質(zhì)量建設指導處、補充耕地質(zhì)量鑒定指導處、補充耕地質(zhì)量鑒定監(jiān)督處、農(nóng)田建設項目指導處、農(nóng)田建設驗收評價處、農(nóng)田工程質(zhì)量檢驗處、農(nóng)田工程質(zhì)量監(jiān)督處。